На какие несовпадения
не стоит обращать внимания:
baldur.ini - оно и понятно, он у каждого свой.
.sav файлы
baldur.gam в сохранениях
Файлы в папке Mission-pack
.txt файлы
файлы портретов 
.debug файлы и прочие файлы, относящиеся к модам
Есть несколько наиболее распространенных в нашей стране пиратских выпусков игр (особенно "Антологии" на DVD), в которых некоторые файлы повреждены или отсутствуют.
Посмотрите, может быть, ваш случай похож на один из следующих:
--------------------------------
Baldur's Gate I & Tales of the Sword Coast
--------------------------------
1.
Наименование выпуска: "Антология БГ" на DVD от pegi.info.
Проблемы: Типичное описание проблемы (автор Vagrant): "установил TotSC и столкнулся со следующими глюками - после генерации персонажа вхожу в таверну и вижу какого-то монстра вместо трактирщика, поднимаюсь на второй этаж - вместо дворянинов нищие, а вместо спящих вообще какая-то муть. "
Поврежденные файлы:
Код:
CREAnim.bif
Что качать:
http://aerie.ru/download.php?view.80Размер: ок. 12Мб
2.
Наименование выпуска: "Антология БГ" на DVD от безымянных пиратов.
Проблемы: Игра зависает, вылетает в различных ситуациях.
Поврежденные файлы:
Код:
AREA050B.bif
AREA050C.bif
AREA050D.bif
AREA100A.bif
AREA200B.bif
AREA0500.bif
AREA1000.bif
AREA1500.bif
AREA2000.bif
baldur.exe
BGMain2.exe
CHASound.bif
Chitin.key
Config.exe
Creature.bif
CRESound.bif
Default.bif
Dialog.bif
Effects.bif
ExArMaps.bif
Gui.bif
Items.bif
MovieCD6.bif
MPSounds.bif
NPCSound.bif
scripts.bif
SFXSound.bif
Spells.bif
Что качать:
http://aerie.ru/download.php?view.89Размер: 276Мб
--------------------------------
Baldur's Gate II: Throne of Bhaal
--------------------------------
3.
Поврежденные файлы:
Код:
CD3CreA2.bif
CD3CreAn.bif
CD4CreA2.bif
CD4CreA3.bif
CD4CreAn.bif
Что качать:
http://aerie.ru/download/patch/tob_creanim.zip
Размер: 60Мб
----------------------------------------
Если ваш случай не похож на эти варианты - выкладывайте результат сравнения по контрольным суммам - не те, где ОК, а те, где не совпадают.
-----------------------------------------
Что делать со скачанными файлами? Вставлять туда, где их недосчитались (см. свой отчет проверки контрольных сумм).